实验室在教育部和湖北省教育厅的指导下，严格按照教育部重点实验室建设与管理办法进行建设、运行和管理。实验室设有建设管理委员会、学术委员会、研究室、办公室等机构。实验室进一步健全了各方面的相关规章制度，修订了《绿色化工过程教育部重点实验室管理办法》等 12 个文件。

学术委员会负责审议实验室建设目标、任务和研究方向，审议重大学术活动和年度工作及开放基金、创新基金项目设立等重大决策，评估期间每年召开学术委员会会议，听取学术委员对实验室研究方向、人才培养、学科发展的建设性意见。

实验室管理委员会由校长担任主任，校科学技术发展院、组织部、人事处、计划财务处、国有资产管理处、研究生院、发展规划与学科建设办公室主要负责人任委员，主要职责为协调解决重点实验室发展中的重大问题。

实验室实行学术委员会指导下的主任负责制，实验室主任全面主持工作。